Maine Coon löydettiin Yhdysvaltojen Mainesta 1800-luvulla, mutta rodun kehityshistoria on edelleen hämärän peitossa. Erikoisimman tarinan mukaan Maine Coon on syntynyt villikissan ja pesukarhun risteymästä, toiset taas uskovat rodun olevan sukua Marie-Antoinetten angorakissoille. Myös viikinkien huhutaan tuoneen Maine Coonit Amerikkaan. Arvoitus ei joka tapauksessa ole vielä ratkennut.

Vaelleltuaan aikansa Yhdysvaltain koillisosissa Maine Coon löysi tiensä maatiloille. Se on loistava metsästäjä, joka sai tehtäväkseen suojella satoa jyrsijöiden hampailta. Rotu esiteltiin yleisölle ensimmäisen kerran vuonna 1860, ja mustavalkoinen Maine Coon nimeltään Captain Jenks sai aikaan suurta kohua. Maine Coonista tuli suosittu kissarotu lähes yhdessä yössä, ja Captain Jenksin jälkeläiset aloittivat Euroopan valloituksen hyvin nopeasti.

Maine Coon on aikoinaan osannut myös kalastaa, ja se rakastaa edelleen vettä. Kylpyammeet, vessanpöntöt ja erilaiset vesiastiat ovat yhä Maine Coonin lempileikkipaikkoja.